ภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติและภูมิคุ้มกันที่ปรับตัว ได้ขึ้นอยู่กับความสามารถของระบบภูมิคุ้มกันในการแยกแยะระหว่างโมเลกุล ของตัวเองและไม่ใช่ตัวเอง ในทางภูมิคุ้มกันวิทยา โมเลกุล ในตัวเองเป็นส่วนประกอบของร่างกายของสิ่งมีชีวิตที่ ระบบภูมิคุ้มกัน สามารถแยกแยะได้จากสารแปลกปลอม ในทางกลับกันโมเลกุลที่ไม่ใช่ตัวเอง คือโมเลกุลที่รับรู้ได้ว่าเป็นโมเลกุลแปลกปลอม โมเลกุลที่ไม่ใช่ตัวเองประเภทหนึ่งเรียกว่าแอนติเจน (แต่เดิมชื่อสำหรับเป็น ตัวสร้าง สารต่อต้านร่างกาย) และถูกกำหนดให้เป็นสารที่จับกับตัวรับภูมิคุ้มกัน เฉพาะ และกระตุ้นให้เกิดการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน จุลินทรีย์หรือสารพิษที่เข้าสู่ร่างกายได้สำเร็จจะพบกับเซลล์และกลไกของระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิด การตอบสนองโดยกำเนิดมักจะถูกกระตุ้นเมื่อจุลินทรีย์ถูกระบุโดยตัวรับการจดจำรูปแบบซึ่งจดจำส่วนประกอบที่อนุรักษ์ไว้ในหมู่จุลินทรีย์กลุ่มต่างๆ หรือเมื่อเซลล์เสียหาย บาดเจ็บ หรือเครียดจะส่งสัญญาณเตือน ซึ่งหลายเซลล์รับรู้โดย ตัวรับเช่นเดียวกับตัวที่รับรู้เชื้อโรค การป้องกันภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดนั้นไม่เฉพาะเจาะจง หมายความว่าระบบเหล่านี้ตอบสนองต่อเชื้อโรคในลักษณะทั่วไป ระบบนี้ไม่ได้ให้ ภูมิคุ้มกันที่ยาวนานต่อต้านเชื้อโรค ระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดเป็นระบบที่โดดเด่นในการป้องกันโฮสต์ในสิ่งมีชีวิตส่วนใหญ่และเป็นระบบเดียวในพืช